1 июля 2003 года в рамках структурной рефомы было создано акционерное общество «Омск-пригород» для организации пригородных пассажирских перевозок железнодорожным транспортом на территории Омской области. Акционеры пригородной компании: ОАО «Российские железные дороги» (51%) и Правительство Омской области в лице Министерства имущественных отношений (49%). Пригородные перевозки были выделены из основной деятельности железнодорожной отрасли с целью создания качественного сервиса, приведения размеров движения в соответствие со спросом населения, исключения безбилетного проезда. Заказчиком транспортных услуг является Омская область в лице регионального Правительства.

В настоящее время маршрутная сеть, обслуживаемая АО «Омск-пригород», составляет четыре направления – Исилькульское, Называевское, Татарское, Иртышское, 96 остановочных пунктов, расположенных в десяти муниципальных районах Омской области. Для перевозки пассажиров в пригородном сообщении компания использует парк электропоездов в количестве 15 составов.

В 2004 году в г. Омске построен современный пригородный вокзал с крытым пешеходным  переходом, который стал частью единого вокзального комплекса города. В 2012 – 2013 гг. на пригородном вокзале построены четыре лифтовых подъемника для маломобильных групп населения.

В электропоездах АО «Омск-пригород» функционируют «Детские вагоны», «Вагоны-комфорт» с мягкими креслами и телевизорами. Во всех электропоездах имеются «Библиотеки на колесах». С 2016 года организован электропоезд «Знание», созданный для старшеклассников и абитуриентов с профориентационной целью. Ежегодно состав, в котором каждый вагон представлен высшим или средним профессиональным учреждением г. Омска,  выезжает на крупные железнодорожные станции, где местные жители могут познакомиться с учебными программами, профессиями, преимуществами учебных заведений.

К 300-летию города Омска и  120-летию Западно-Сибирской железной дороги в 2016 году построены пятый лифтовой подъемник на пригородном вокзале, новая современная пассажирская платформа, открыт под прием и отправление только пригородных поездов станционный путь.

В 2017 году в компании произведена замена всей билетопечатающей техники на современную. В сентябре внедрена пластиковая транспортная карта, заменившая бумажный носитель  абонементных билетов. В мае 2018 внедрено мобильное приложение для приобретения проездных документов через интернет.

В 2019 г. компания «Омск-пригород» подготовила новый туристический проект – экскурсии на станцию Мариановка, где расположена экспозиция железнодорожных зданий и подвижного состава н. XX в.; на станцию Любинская, исторически связанную с судьбой последнего российского императора Николая II и его семьи; на станцию Кормиловка к местам боев времен Гражданской войны; конно-пеший маршрут в пос. Конезаводский.  В 2022 г. запущен новый маршрут со сплавом по реке Оми в Калачинском районе Омской области. Все маршруты предполагают проезд электропоездом к месту экскурсии, а также использование мультимодальных перевозок. В электропоезде можно скачать аудиогид – бесплатный источник информации о знаменитых земляках, истории Транссибирской магистрали, а также произведений художественной литературы. 

Компания постоянно работает над повышением качества услуг и сервиса, стремится удовлетворить потребности пассажиров в полном объеме. С 2018 года назначен дополнительный электропоезд на Исилькульском направлении и увеличена интенсивность курсирования электропоездов на Называевском и Татарском направлениях. В 2020 году маршрут электропоезда  «Московка – Драгунская - Московка» продлен до станции Называевская. В 2022 году в Омский регион поступил первый современный электропоезд серии ЭП2Д.

АО «Омск-пригород» - социально ориентированная компания, поддерживающая стоимость на свои услуги на доступном для населения уровне. В 2022 году тарифы на проезд электропоездом были в среднем увеличены на 4%  - впервые за 5 лет. Дети дошкольного возраста проезжают в электропоездах бесплатно, школьники и студенты – за 50% стоимости в период с 1 сентября по 15 июня.

В АО «Омск-пригород» проводится взвешенная кадровая политика с целью сохранения и закрепления персонала, предоставления работникам возможностей для профессионального развития и роста. В компании реализуются все гарантии, предусмотренные трудовым законодательством, а также дополнительные льготы и компенсации в соответствии с Коллективным договором, заключаемым между работодателем и работниками.

Два года подряд (2021 – 2022 гг.) компания принимает участие в конкурсе «»Лучший работодатель Омской области», организуемом региональным Министерством труда и социального развития, и становится в числе его победителей.